Post Description

Het verhaal begint 20 jaar geleden, wanneer Charles Xavier en Erik Lensherr (Magneto) op bezoek gaan bij Jean Grey om haar hun hulp aan te bieden met het omgaan met haar mutantenkrachten. Jean blijkt een enorme potentie te hebben en laat zelfs op jonge leeftijd al alle auto's in de buurt door de lucht zweven. Eric is onder de indruk, maar Charles is bezorgd.
Tien jaar later heeft een jongetje genaamd Warren Worthington zich opgesloten in de badkamer, waar hij met een vijl en schaar aan het werk is. Wanneer zijn vader binnenkomt ziet hij tot zijn grote schrik dat Warren een mutant is met twee vleugels op zijn rug, die hij geprobeerd heeft af te knippen. Hij zweert dat hij op een dag een geneesmiddel zal vinden voor zijn zoons "ziekte".
In het heden vechten X-Men Wolverine, Storm, Iceman, Rogue, Colossus en Kitty Pryde tegen een enorme robot (een Sentinel). Wanneer een rondvliegend stuk puin Wolverine's laatste sigaar vermorzelt, laat hij zich door Colossus naar de robot gooien en hakt zijn hoofd eraf, zodat de simulatie eindigt.
Niet lang daarna wordt het nieuws bekendgemaakt over het nieuwe geneesmiddel voor mutanten. Hoewel sommige mutanten, waaronder Rogue, geïnteresseerd zijn, willen anderen er niets van weten. Ze vertrekt na een gesprekje met Wolverine. De X-men's oude vijand Magneto rekruteert een leger van mutanten om het middel in handen te krijgen.
Ondertussen wordt Cyclops nog altijd geplaagd door de herinnering aan de dood van Jean Grey. Hij gaat naar het Alkali meer en ziet daar tot zijn verbazing Jean, levend en wel. Ze is echter qua persoonlijkheid veranderd en doodt Scott. Professor X stuurt Wolverine en Storm naar het meer. Zij vinden Scotts bril en een bewusteloze Jean.
Xavier legt uit dat hij twintig jaar geleden een aantal psychische barrières heeft aangebracht in Jeans hoofd om haar enorme krachten onder controle te houden. Hierdoor ontwikkelde ze twee persoonlijkheden: de Jean Grey uit de vorige twee films en de zogenaamde "Phoenix". Deze Phoenix is op dit moment in controle. Wolverine wil dit aanvankelijk niet geloven, tot hij het zelf ziet. Jean ontsnapt en vlucht naar haar oude huis waar Xavier, geholpen door Wolverine en Storm, en Magneto, met Juggernaut en een paar andere mutanten, haar confronteren. Jean doodt Xavier en vertrekt met Magneto.
Die nacht infiltreert Wolverine in Magneto's kamp en ontdekt zo Magneto's plan om een aanval te openen op Alcatraz, waar het medicijn wordt gemaakt. Wolverine, Storm, Shadowcat, Iceman, Beast en Colossus confronteren Magneto's leger op Alcatraz. In het gevecht maakt Beast Magneto onschadelijk met het geneesmiddel. Hierop begint Jean met haar psychische krachten alles om haar heen te vernielen. Wolverine confronteert haar en weet tot haar door te dringen. Ze smeekt hem haar te doden nu dat kan. Wolverine doet dit. Ondanks professor Xavier's dood blijft de school voor mutanten open. Rogue komt terug naar de school maar heeft haar gaven opgegeven. Magneto, nu een gewone man, zit op het eind te schaken. Een van de metalen schaakstukken beweegt een beetje wanneer hij ernaar wijst, wat kan inhouden dat het geneesmiddel toch niet permanent is.